Zbirka spužvi Prirodoslovnog muzeja Rijeka porijeklom je iz Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine. Dio materijala sakupljen je terenskim istraživanjima brodom "Bios". Od 1987. godine materijal se sakuplja autonomnim ronjenjem podmorju Kvarnera. Biološki materijal u zbirkama pohranjen je u obliku mokrih i suhih preparata. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine.Zbirka spužvi sadrži 106 digitalno fotografirana primjerka od ukupno 233 jedinica koje zbirka spužvi sadrži. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line. Zbirka spužvi je od 2010. godine upisana u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske pod brojem 4438.

Zbirka žarnjaka Prirodoslovnog muzeja Rijeka porijeklom je iz Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine. Dio materijala sakupljen je terenskim istraživanjima brodom "Bios". Od 1987. godine materijal se sakuplja autonomnim ronjenjem podmorju Kvarnera. Biološki materijal u zbirkama pohranjen je u obliku mokrih i suhih preparata (skeleti životinja Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine.Zbirka žarnjaka sadrži 193 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line. Zbirka žarnjaka je od 2010. godine upisana u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske pod brojem 4438.

Zbirka kolutićavaca Prirodoslovnog muzeja Rijeka porijeklom je uglavnom iz Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine. Najzastupljeniji razred u zbirci su mnogočetinaši (Polychaeta). Dio materijala mnogočetinaša sakupljen je terenskim istraživanjima brodom "Bios". Od 1987. godine materijal se sakuplja autonomnim ronjenjem duž transekata u podmorju Kvarnera. Biološki materijal u zbirkama pohranjen je u obliku mokrih preparata. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine. Zbirka kolutićavaca sadrži 157 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line. Zbirka kolutićavaca je od 2010. godine upisana u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske pod brojem 4438.

Malakološka zbirka Prirodoslovnog muzeja Rijeka danas sadrži oko 9.900 primjeraka morskih puževa, školjkaša i glavonožaca. Zbirka školjkaša prema mišljenju stručnajka zbirka je B kategorije jer od ukupno poznatih 224 vrsta za Jadran, prema predhodno objavljenoj listi besktralješnjaka iz 1997. godine, sadrži 165 vrsta sa područja istočne obale Jadrana, a mnoge su i po prvi puta registrirane za Jadransko more. U periodu od 1987. do 1999. godine prikupljanje školjkaša za malakološku zbirku vrši se autonomnim ronjenjem u sklopu biocenoloških istraživanja u području zapadne obale otoka Krka, Vinodolskog kanala, Riječkog zaljeva i otočja Goli, Prvić i Grgur. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line. Malakološka zbirka je od 2010. godine upisana u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske pod brojem 4438.

Zbirka rakova Prirodoslovnog muzeja Rijeka dio svog fundusa temelji kao i ostale zbirke Prirodoslovnog muzeja Rijeka na materijalu Mađarske kraljevske biološke postaje (200-tinjak inventarnih brojeva). Od 1997. o njoj se brine kustos karcinolog. Od tada se nadopunjava biološkim materijalom sakupljenim duž ronilačkih transekata većinom Primorsko-goranske županije, ali i ostalog Jadrana. Veliki dio zbirke danas čini materijal sakupljen ribarstveno-biološkom ekspedicijom "Hvar" 1948.-1949.godine. (skupina Decapoda). Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka i broji oko 1534 inventarnih jedinica vrsta skupina Cirripedia, Stomatopoda, Decapoda, Isopoda i Amphipoda. Skupina Decapoda vodi se studijski. Zbirka sadrži i dvije vrste Decapoda ( Brachycarpus biungiuculatus i Hippolyte prideauxiana) koje su 2003. i 2005. identificirane kao nove vrste za Jadran. Zbirka rakova sadrži 1534 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka lovkaša Prirodoslovnog muzeja Rijeka porijeklom je iz Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine. Najveći dio materijala je iz skupine mahovnjaka (Bryozoa). Dio materijala sakupljen je terenskim istraživanjima brodom "Bios". Od 1987. godine materijal se sakuplja autonomnim ronjenjem duž transekata u podmoju Kvarnera. Biološki materijal u zbirkama pohranjen je u obliku mokrih i suhih preparata (skeleti životinja Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997.godine. Zbirka lovkaša sadrži 68 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line. Zbirka lovkaša je od 2010. godine upisana u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske pod brojem 4438.

Zbirka bodljikaša Prirodoslovnog muzeja Rijeka porijeklom je iz Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine. Dio materijala sakupljen je terenskim istraživanjima brodom "Bios". Od 1987. godine materijal se sakuplja autonomnim ronjenjem duž transekata i podmorju Kvarnera. Biološki materijal u zbirkama pohranjen je u obliku mokrih i suhih preparata. Zadnju reviziju napravio je Dr. Dušan Zavodnik 1995.g. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine. Zbirka bodljikaša sadrži 197 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line. Zbirka bodljikaša je od 2010. godine upisana u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske pod brojem 4438.

Zbirka plaštenjaka Prirodoslovnog muzeja Rijeka porijeklom je iz Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine. Dio materijala sakupljen je terenskim istraživanjima brodom "Bios". Od 1987. godine materijal se sakuplja autonomnim ronjenjem podmorju Kvarnera. Biološki materijal u zbirkama pohranjen je u obliku mokrih i suhih preparata. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine. Zbirka plaštenjaka sadrži 28 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line. Zbirka plaštenjaka je od 2010. godine upisana u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske pod brojem 4438.

Zbirka ostalih morskih organizama porijeklom je iz Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine. Dio materijala sakupljen je terenskim istraživanjima brodom "Bios". Od 1987. godine materijal se sakuplja autonomnim ronjenjem podmorju Kvarnera. Biološki materijal u zbirkama pohranjen je u obliku mokrih i suhih preparata. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine. Kako je princip razdvajanja zbirki zasnovan na sistematskim skupinama organizama, manje skupine s nekoliko primjeraka udružene u zbirku ostalih morskih organizama. S vremenom s povećanjem broja vrsta i primjeraka spomenutih skupina postoji mogućnost osnivanja novih zbirki.

Zbirka riba Prirodoslovnog muzeja Rijeka, kao i ostale zbirke Muzeja, nastala je 1945. godine sakupljanjem materijala bivše Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine, te materijala bivšeg Gradskog muzeja (Museo Civico) i različitih riječkih škola. Zbirka se kasnije dopunjavala sakupljenim primjercima, a od 1992. godine o zbirci se brine kustos ihtiolog sto je ubrzalo njeno obogaćenje. U zbirci se nalaze mokro pohranjeni preparati, dermoplastički preparati, kosturi, dijelovi kostura i čeljusti. Zbirka ima oko 5300 primjeraka i  oko 320 vrsta. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine. Vrijedni eksponati u zbirci su vrste glavoča koje se nalaze u samo par muzejskih zbirki u svijetu. Najvredniji eksponati u zbirci su tipovi vrsta na kojima su opisane vrste riba, kojih ova zbirka do 2008.g. broji šest. Zbirka riba sadrži 2250 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka vodozemaca i gmazova Prirodoslovnog muzeja Rijeka, kao i ostale zbirke Muzeja, nastala je 1945. godine sakupljanjem materijala bivše Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine., te materijala bivšeg Gradskog muzeja (Museo Civico) i različitih riječkih škola. Zbirka se kasnije dopunjavala sakupljenim primjercima. U zbirci se nalaze mokro pohranjeni preparati, dermoplastički preparati i kosturi. Zbirka ima 227 primjeraka i 61 vrstu. Dio zbirke izložen je u stalnom postavu muzeja. Zadnju reviziju napravila je Irena Grbac 1999.godine. Baza Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine. Zbirka vodozemaca i gmazova sadrži 202 digitalno fotografirana primjerka. Zbirka nije u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka ptica Prirodoslovnog muzeja Rijeka, kao i ostale zbirke Muzeja, nastala je 1945. godine sakupljanjem materijala bivše Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine, te materijala bivšeg Gradskog muzeja (Museo Civico) i različitih riječkih škola. Zbirka se kasnije dopunjavala sakupljenim primjercima. U zbirci se nalaze mokro pohranjeni preparati, dermoplastički preparati, kosturi, i dijelovi kostura. Dio zbirke izložen je u stalnom postavu muzeja. Zbirka ima 259 primjeraka i  157 vrsta. Zadnju reviziju napravili su dr.sc. Jelena Kralj i Dragan Radović 1998.g. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1997. godine.Zbirka ptica sadrži 259 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka sisavaca Prirodoslovnog muzeja Rijeka, kao i ostale zbirke Muzeja, nastala je 1945. godine sakupljanjem materijala bivše Mađarske kraljevske biološke postaje koja je djelovala u Rijeci od 1905. -1918. godine, te materijala bivšeg Gradskog muzeja (Museo Civico) i različitih riječkih škola. Zbirka se kasnije dopunjavala sakupljenim primjercima. U zbirci se nalaze mokro pohranjeni preparati, dermoplastički preparati, kosturi, i dijelovi kostura. Zbirka ima 117 primjeraka i  60 vrsta. Dio zbirke izložen je u stalnom postavu muzeja. Zadnju reviziju napravili su Marijana Vuković i Maja Baltić 1999.g. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 1999. godine.Zbirka sisavaca sadrži 113 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka algi Prirodoslovnog muzeja Rijeka ukupno ima 255 primjeraka, od toga 205 herbarijskih i 50 mokrih preparata. Stotinjak primjeraka algi sakupljeno je u razdoblju od 1881.-1882.g. u području riječkog zaljeva (Lovran, Ika, Opatija, Rijeka, Bakar, Kraljevica). Ostali primjerci sakupljeni su periodično na terenu od 1963.-1966.g., 1981.-1982.g, i 1992.g . Od 1995.g. alge se pohranjuju kao mokri preparati. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 2005. godine. Zbirka algi sadrži 224 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Herbarijska zbirka osnovana je 2003. g., od kada se provodi intezivno prikupljanje materijala uglavnom terenskim radom i manjim dijelom ustupanjem uzoraka iz drugih herbarijskih zbirki. Predmeti u zbirci podrijetlom su iz Hrvatske, Slovenije, Bosne i Hercegovine, Crne Gore, Srbije, Kosova, Makedonije, Italije, Albanije, Turske, Rumunjske, Grčke, Austrije i Švicarske. Uzorci se prikupljaju na način da omogućuju daljnja znanstvena istraživanja primjenom klasičnih i modernih, molekularnogenetskih metoda. Zbirka sadržava i holotipski primjerak novoopisane vrste Edraianthus pulevicii Surina & D. Lakušić te trinaest topotipskih primjeraka, a obuhvaća i neke od globalno najpotpunijih kolekcija uzoraka rodova Edraianthus (Campanulaceae), Wulfenia (Plantagininaceae), Athamanta (Apiaceae) i Drypis (Caryophyllaceae). Značaj zbirke je potvrđen i registracijom (2009.) u svjetskom indeksu herbarija Index herbariorum pod akronimom NHMR.

Zbirka botaničkih mokrih preparata Prirodoslovnog muzeja Rijeka - nastala je 2008. godine, spremanjem uzorka biljnih vrsta sa šireg riječkog područja te se pohranjuju kao mokri preparati u alkoholu ili formalinu. Dokumentacija o zbirci vodi se u računalnoj bazi podataka. Herbarijska zbirka sadrži 10 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka minerala Prirodoslovnog muzeja Rijeka sadrži primjerke različitih vrsta minerala, s tipičnih svjetskih nalazišta, sustavno složenih na osnovi njihovog kemizma. Sistematska klasifikacija omogućuje uvid u raznolikost istih vrsta minerala različite parageneze. Vrijedne cjeline čine uzorci različitih kristala minerala kremena, uzorci kristala minerala ruda, te uporabni i ukrasni predmeti izrađeni od dragog kamenja. Prema arhivi muzeja 1946. Muzej je imao 300 primjeraka minerala i fosila, i već 1947 godine zabilježena je veća akvizicija jer je prof. Antonio Smokvina poklonio je zbirku minerala s 290 primjeraka, a zbirku je vodio prof. Mirko Baretić. Determinaciju materijala obavio je 1963. Vjekoslav Brajdić - kustos mineralog tadašnjeg Mineraloško-petrografskog muzeja u Zagrebu (danas Hrvatski prirodoslovni muzej - Zagreb). Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 2007. godine.Zbirka minerala sadrži 849 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka stijena Prirodoslovnog muzeja Rijeka sadrži primjerke različitih vrsta stijena Zemljine kamene kore sustavno složenih u skupine magmatskih, taložnih i metamorfnih stijena. Zastupljene su sve vrste (jurski, kredni i paleogenski vapnenci i vapnenačke breče; trijaski andezit) građevnog i ukrasnog kamena riječkog područja. U ovoj se zbirci čuva najstariji predmet u Prirodoslovnom muzeju Rijeka, uzorak silicijske sedimentne stijene rožnjaka, prikupljen 1872. godine na Islandu. Zbirci pripada i uzorak sedre prikupljen 1892. godine na Plitvičkim jezerima u Hrvatskoj. Dokumentacija zbirke se vodi u računalnoj bazi podataka od 2007. godine.Zbirka stijena sadrži 385 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka "Razvoj čovjeka" sadrži odljeve (kopije) kostiju predstavnika razvojnih stadija hominida Australopithecus, Homo habilis, Homo erectus, Homo sapiens neanderthalensis, odljeve njihovih artefakata, odljeve suživotne faunističke zajednice pračovjeka i originalne kosti lubanje današnjeg čovjeka naše podvrste Homo sapiens sapiens.Zbirka sadrži 203 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Geološka stratigrafska zbirka riječkog područja sadrži primjerke različitih vrsta stijena i fosila kojima se dokumentira litološki sastav i biostratigrafija naslaga riječkog područja od najstarijih na površini otkrivenih stijena razdoblja karbona do najmlađih istaloženih tijekom paleogena. Unutar zbirke začajnu cjelinu čine primjerci rudnih resursa riječkog područja. Zbirka sadrži 121 digitalno fotografirani primjerak. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.

Zbirka fosilne faune kvartara iz špilja riječkog područja sadrži brojne fosilne kosti i zube, otkrivene u 25 špilja, koji dokazuju raznovrsnu životinjsku zajednicu pleistocena. Zbirci pripada dobro sačuvana lubanja špiljskog medvjeda (Ursus spelaeus ROSENMULLER & HEINROTH) pronađena u špilji Sparožna u Kastavštini, skelet fosilnog smedjeg medvjeda (Ursus arctos LINNÉ) pronađen u Banićevoj špilji na otoku Cresu, te nalazi artefakata paleolitskih i mezolitskih kultura. Zbirka stijena sadrži 1766 digitalno fotografiranih primjeraka. Zbirka je u cjelini obrađena. Očekuje se prirast zbirke. Dostupnost nije ograničena. Sadržaju zbirke se može pristupiti on-line.