S obzirom na veliku topljivost karbonatnih stijena, površinski vodotoci u krškim područjima su rijetki i najčešće privremeni. Rijeke često kratko teku površinom, poniru, teku pozemljem te na drugom mjestu ponovno izviru, pa istu rijeku poznajemo i pod nekoliko imena. Rijeka Kupa, koja dijelom svoga toka čini prirodnu granicu Slovenije i Hrvatske, jedna je od najvećih, najznačajnih i najbolje očuvanih rijeka dinarskog područja. Jedinstven je fenomen povremenih jezera koja se javljaju na poplavnim krški poljima u proljeće, kada se topi snijeg na okolnim planinama i za jesenjih kiša, dok se ljeti, kada voda oteče u podzemlje, mijenjaju u suha krška polja. Najveće takvo presušujuće jezero u Europi je Cerkniško jezero, poznata su i ona pored Pivke, dok je manje znano da je i veliko Grobničko polje iznad Rijeke imalo svoje presušujuće jezero do melioracijskih zahvata koji su ga zauvijek isušili.
Vsled vodotopnosti karbonatnih sten so površinski vodotoki na kraških območjih redki in najbolj pogosto le občasni. Redki površinski vodotoki so kratki, poniknejo v podzeljemlje kjer reke nadaljujejo svojo pot do ponovnega izvira. Zato za isto reko lahko obstaja več imen. Reka Kolpa, ki v zgornjem in srednjem toku predstavlja naravno mejo med Slovenijo in Hrvaško, je ena največjih, najbolj pomembnih in najbolje ohranjenih rek dinarskega območja. Svojevrsten fenomen predstavljajo tudi presihajoča jezera, ki jih spomladi polni deževje in pa voda iz talečega se snega iz okolišnih planin in jeseni obilno deževje, ko pa voda odteče v podzemlje, presahnejo in in za sabo pustijo suha kraška polja. Največje presihajoče jezero v Evropi je Cerkniško jezero, poznana pa so tudi tista blizu Pivke. Manj znano je, da je tudi Grobniško polje iznad Reke imelo svoje presihajoče jezero, ki pa je vsled melioracijskih posegov presahnilo za vedno.